Zaghouan est une ville qui a toujours été habitée par l’homme. En effet, depuis des temps très anciens, l’homme a conquis cette ville et s’y est installé, lui même conquis par sa  beauté. . D’ailleurs, des études très sérieuses estiment que cette présence date de la préhistoire ou plutôt de l’époque de la civilisation Assyrienne c’est-à-dire depuis prés de cent mille ans

En effet, ce qu’on a découvert à Zaghouan en témoigne largement : des cimetières, tombes et fosses communes taillés à même la roche sous forme de chambrettes se trouvent encore non loin du village de Sidi Medyen qui est situé derrière la montagne de Zaghouan ( Djebel Zaghouan) mais aussi dans d’autre endroits tels que Ain Asker et Sidi Zid.

Et si l’on n’a rien encore sous la main pour prouver que la ville de Zaghouan était fort prospère à l’époque carthaginoise ( l’ère punique), cela n’empêche pas d’exhiber de nombreuses preuves  irrévocables de son essor et de sa prospérité à l’ère romaine et plus particulièrement au 2ème et au 3ème siècle après J.C. Effectivement, la ville a vécu un essor civilisationnel de taille ce qui lui a valu la nom de Municipe ( municipalité) : preuve tangible de son statut de cité à part entière ; les Zaghouanais eux-mêmes, tirèrent profit de l’aubaine et eurent l’honneur d’accéder au statut  (combien convoité à  l’époque !) de Citoyens de Rome !

D’après les chercheurs, « Ziqua » (l’ancienne appellation de l’actuelle ville de Zaghouan ) renvoie à cette époque. Il est fort  probable aussi que son nom est une dérivation du mot aqua, qui veut dire « eau », faisant allusion à la richesse principale de la région . D’ailleurs, il est maintenant établi que le nom « Zaghouan » est, à son tour , une variation  un tant soi peu grossière de « Ziqua ».

Ces même chercheurs estiment que la ville actuelle est construite sur les décombres même de l’ancienne ville romaine.